La genética de poblaciones se investiga en las dos especies residentes de lobos marinos que habitan en la reserva Punta San Juan: el lobo marino fino (Arctocephalus australis) y el lobo marino chusco (Otaria flavescens).

Esta investigación tiene como objetivo evaluar las relaciones genéticas entre los individuos encontrados en la reserva de Punta San Juan en comparación con otras poblaciones peruanas y sudamericanas.

Se colectan y conservan muestras de tejido interdigital de la aleta anterior y se conserva para la extracción, amplificación y secuenciamiento del ADN mitocondrial y nucelar. Se trabaja con muestras desde los 1990s en lobo marino fino y desde el 2004 en lobo marino chusco. Esta información determinará si es que hay singularidades de la población peruana de lobos marinos en comparación con las demás poblaciones sudamericanas.