El monitoreo ambiental evalúa las tendencias anuales y estacionales de las condiciones ambientales circundantes a la reserva de Punta San Juan.

Se evalúa la temperatura ambiental, la temperatura superficial del mar, la velocidad y dirección del viento, la humedad, radiación solar y precipitación. Toda esta información se toma todo los días, tres veces por día.
La colecta de información se logra mediante el uso de una estación meteorológica automatizada y la toma de datos mediante equipos especializados.

Esta información nos sirve para poder entender la variación ambiental en la reserva de Punta San Juan.