Hacer investigación siguiendo metodologías estandarizadas en los tópicos de interés del Programa Punta San Juan para poder responder a preguntas de investigación pertinentes a la biología de poblaciones, ecología marina, biología reproductiva, sostenibilidad de recursos, entre otros del ecosistema de afloramiento de la Corriente de Humboldt.

Este eje incluye un área de trabajo muy importante para el Programa PSJ: el monitoreo. Mediante el monitoreo de fauna y ambiental se espera: (i) entender la variabilidad del ecosistema en "tiempo real" para así poder hacer recomendaciones y tomar medidas de manejo in situ y (ii) entender la variabilidad a largo plazo del eco.