Una de las entidades presentes en Punta San Juan es el Programa de Desarrollo Productivo Agrario Rural (AGRORURAL), adscrito al Viceministerio de Desarrollo e Infraestructura Agraria y Riego. La Dirección de Abonos de AGRORURAL tiene como funciones: 1) la promoción del uso del guano de las islas (abonos proveniente de aves marinas), considerado el mejor fertilizante natural del mundo, y 2) la conservación y protección de las aves guaneras.

La recolección del guano de las islas es una actividad artesanal que se realiza en forma racional, evitando su agotamiento a largo plazo. De esta manera, la recolección que se realiza en una determinada isla o punta puede volver a repetirse en un período no menor de cinco años. Debido a que el relieve de las islas y puntas es rocoso e irregular, la recolección del guano es completamente manual. El procesamiento consiste en el picado, tamizado, envasado y pesado del producto, efectuándose en el lugar de recolección. El guano de las islas es ofertado a precio social, esencialmente a los pequeños agricultores, comunidades campesinas y nativas de las zonas rurales, como parte de la política de apoyo del gobierno. Además de mejorar las propiedades del suelo por su alto contenido de nitrógeno, fósforo y potasio, contribuye al buen crecimiento y desarrollo de las plantas, así como a la producción de cosechas rentables.

Para cumplir con la conservación y protección de las aves guaneras, AGRORURAL cuenta con un sistema de Guarda islas que se encuentran presentes de manera permanente en las 22 islas y 11 puntas de donde se extrae el guano. Los Guarda Islas realizan labores de control y vigilancia para evitar que se altere el ecosistema por acción humana y son los encargados de registrar la dinámica poblacional de las aves guaneras.

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